База vCenter находится на самом vCenter? Если нет, пользы от снапшота vCenter вообще никакой.
Вообще, я бы двигался в сторону переноса рабочего vCenter в другой домен. Вариант с подниманием недобитого Heartbeat'ом vCenter мне представляется более опасным.
Ну и я бы поднял небольшую тестовую ферму и прогнал вариант с переносом vCenter.
UPD: а еще на время суматохи перенес бы vCenter и управляющие интерфейсы на стандартный коммутатор и пришиб у нексуса standby vsm модуль.